与灰原哀分开后，柯南全身心地投入案件调查，不放过任何细微线索。他重新梳理之前收集到的信息，发现所有线索都隐隐指向一个名叫“黑渊集团”的神秘企业。这个集团表面上从事合法商业活动，但柯南敏锐地察觉到其背后隐藏着不可告人的秘密。
柯南暗中对黑渊集团展开调查，利用自己的智慧和人脉，逐渐揭开了集团的神秘面纱。原来，黑渊集团正是黑衣组织在商业领域的一个重要掩护，而集团的总裁飞鸟信彦，极有可能就是指使龙哥杀人并一直隐藏在幕后的黑手。
与此同时，独自行动的灰原哀也通过自己在黑衣组织的旧关系网，获取了一些关键信息，同样将目标锁定在了飞鸟信彦身上。她深知飞鸟信彦心狠手辣，行事谨慎，身边更是不乏高手护卫，要想接近他并将其绳之以法，绝非易事。
虽然与柯南分开，但灰原哀心里明白，他们的目标是一致的。在经过一番深思熟虑后，灰原哀决定主动联系柯南。当柯南听到灰原哀的声音从电话那头传来时，心中五味杂陈，但此刻他知道，他们必须摒弃前嫌，携手合作。
两人在阿笠博士家秘密会合，迅速制定抓捕飞鸟信彦的计划。柯南利用自己出色的推理能力，分析出飞鸟信彦近期的行动规律和可能的藏身之处。而灰原哀凭借对黑衣组织行事风格的了解，为计划提供了许多关键细节。
经过周密准备，他们得知飞鸟信彦将在黑渊集团的一处秘密据点召开重要会议。柯南和灰原哀联系了目暮警官，详细说明了情况。警方决定全力配合，一场抓捕行动就此展开。
行动当晚，柯南、灰原哀与警方人员悄悄潜入黑渊集团的秘密据点。据点内守卫森严，但柯南和灰原哀凭借着过人的智慧和勇气，巧妙地避开了重重守卫。他们逐渐接近会议室，听到了飞鸟信彦与手下的谈话。
“那些碍事的家伙，必须尽快解决掉，不能让他们坏了我们的大事。”飞鸟信彦的声音低沉而阴冷。
柯南和灰原哀对视一眼，彼此心领神会。就在飞鸟信彦准备下达进一步指令时，警方人员如神兵天降，迅速冲进会议室，控制住了现场。
飞鸟信彦看到眼前的情景，脸色瞬间变得惨白，但他仍试图负隅顽抗。柯南一个箭步冲上前去，将飞鸟信彦制服。
“飞鸟信彦，你的罪行已经败露，现在你被捕了！”柯南正义凛然地说道。
飞鸟信彦咬牙切齿地看着柯南和灰原哀：“你们这两个小鬼，坏了我的好事，我不会放过你们的！”
然而，此刻的他已无力回天。随着飞鸟信彦的落网，黑渊集团与黑衣组织的部分阴谋也随之被揭露。柯南和灰原哀看着被押走的飞鸟信彦，心中满是欣慰。他们知道，这只是打倒黑衣组织漫长道路上的一个重要胜利，但也是他们爱与救赎之旅中的一个重要里程碑。
经过这次事件，柯南和灰原哀之间的情谊更加深厚。他们明白，未来还有更多挑战等待着他们，但只要他们携手并肩，就没有什么能够阻挡他们追求正义、拯救世界的脚步。
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