终末轮回的枷锁被打破后，宇宙本源之力突然产生剧烈的裂变反应。阿雷克斯的量子监测网络显示，构成宇宙的基本粒子正在以违背常理的方式分裂重组，恒星内部的核聚变反应逆向进行，将能量重新压缩为物质；莱娅的灵羽族圣地，守护圣树的根系开始疯狂吸收周围的灵能，树干上浮现出无数张痛苦扭曲的面孔，发出撕裂灵魂的哀嚎。整个宇宙仿佛一台零件错位的精密仪器，发出濒临崩溃的嗡鸣。
苏尘与洛瑶的力量在这场本源动荡中濒临失控。苏尘的混沌之力如同脱缰的野马，每次施展都会在空间中撕开巨大的裂痕，从中涌出散发着腐朽气息的暗物质洪流；洛瑶的星光之力则变得黯淡而冰冷，治愈的光芒触碰之处，反而加速了物质的衰变。两人的意识被强行拽入一个由破碎本源构成的异空间，这里漂浮着无数发光的晶体，每一块晶体都蕴含着宇宙诞生时的原始法则，却都在以肉眼可见的速度崩解。
银河守望者联盟的舰队在试图稳定局势时遭遇重创。战舰的引擎系统被本源裂变产生的能量流摧毁，船员们的身体开始与接触到的物质发生同化——有人的皮肤变成金属质地，却在下一秒又化作液态；有人的骨骼逐渐透明，最终消散成漂浮的光粒。薇尔莉特带领的特遣队装备了特制的“本源稳定服”，试图在乱流中寻找突破口，却发现稳定服反而成为加速裂变的催化剂，队员们的意识开始与不同维度的本源意识产生共鸣，陷入疯狂的边缘。
莱娅发动灵羽族最后的禁忌仪式“寰宇归源”，以燃烧全族生命本源为代价，终于窥探到这场危机的根源。在宇宙诞生之初，十二工匠将蕴含着无限可能的“本源核心”封印在宇宙深处。但随着宇宙经历无数次危机，核心内部的平衡被彻底打破，产生了名为“裂源者”的邪恶意识。它是所有不稳定因素的集合体，妄图通过不断分裂本源之力，将宇宙彻底解构为无序的混沌。
阿雷克斯带领科研团队启动“本源聚合计划”，在各个星域建造巨型“归墟塔”。他们试图用机械联邦最尖端的引力控制技术，将分裂的本源粒子重新聚合；用灵羽族的古老咒文安抚暴走的法则之力。然而，裂源者不断扭曲归墟塔的能量输出，将聚合的粒子再次撕裂，咒文也被转化为加剧裂变的指令。普通星球上，山川河流开始逆向演化，生物的进化链出现断裂，整个生态系统濒临崩溃。
苏尘与洛瑶在异空间中艰难前行，每走一步都要承受本源之力的撕扯。他们遭遇由裂化本源具象化的怪物：拥有无数触手的暗物质巨怪、能操控法则的混沌之眼、由反物质构成的毁灭使者。裂源者化作一个由破碎晶体组成的人形，它的声音如同万千金属同时断裂：“本源的裂变是宇宙的宿命，你们的抵抗不过是螳臂当车！”
在这千钧一发之际，全宇宙尚存希望的文明将对“完整”的渴望与对“新生”的信念注入两人意识。苏尘与洛瑶将混沌之力、星光之力与文明的集体意志融合，形成能重塑本源的“创世熔炉”。当熔炉的光芒照亮异空间，崩解的本源晶体开始重新聚合，裂源者发出凄厉的惨叫，逐渐消散在光芒之中。
战后，创生之树生长出“本源脉络”，自动监测并修复宇宙中的本源裂隙。苏尘与洛瑶的力量化作守护宇宙根基的壁垒，他们的光芒成为稳定本源的定海神针。但在宇宙最隐秘的角落，裂源者的残念仍在悄然聚集，等待着给予文明最后的致命一击……
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