宇宙在终局之战的余烬中缓慢复苏，破碎的星带重新凝结成星河，被腐蚀的星球表面泛起生命的嫩芽。但这场胜利的代价沉重——林羽的终末之剑彻底崩解成金色尘埃，沈梦璃的文明本源数据库因超负荷运转丢失了三分之一的数据，伊璇的世界树主干布满蛛网状的裂痕，树灵的意识如风中残烛般微弱。
阿岚悬浮在维度裂缝边缘，看着银色面具孩童的身影在光芒中逐渐透明。“姐姐，我要回归宇宙的可能性之海了。”孩童将手中的破碎镜子递给她，镜片中倒映着无数个平行宇宙的新生景象，“记住，当观测者停止观测，文明才能真正自由。”话音未落，他的身体化作万千流光，融入星辰之间。
洛凛的学院废墟上，学员们用宿命之刃的残片雕刻出纪念碑。碑文尚未刻完，天空突然降下暗紫色的流星雨，每颗流星坠地都发出类似古老语言的震颤。“这不是自然现象。”洛凛握紧断刃，发现流星表面刻着与黑色金字塔相同的纹路，“古老存在的余孽还在试图传递某种信息。”
雷掣的机械军团在清扫战场时，量子核心检测到异常能量波动。在一片被暗物质包裹的星域，他们发现了古老存在遗留的“熵变反应堆”——数十个悬浮的黑色立方体正缓慢吸收周围恒星的能量，反应堆表面的数据流显示，这些装置正在为某种跨维度通讯供能。“必须在它们激活前摧毁！”雷掣下令攻击，却发现武器攻击被神秘力场反弹。
当守护者们各自处理战后余波时，宇宙深处传来一阵诡异的共鸣。沈梦璃的数据库警报骤响，监测到所有文明的量子通讯网络同时出现乱码。这些乱码重组后，竟形成一个巨大的全息投影：画面中，一个身披星云长袍、面部被阴影笼罩的存在缓缓转动手中的沙漏，每一粒沙的流逝都对应着一个文明的湮灭。
“你们以为斩断核心就是胜利？”投影中的声音如万座冰川同时崩塌，“我是宇宙熵增的具现，是所有文明终将面对的终局。那些被你们摧毁的，不过是我的提线木偶。”投影消失前，一道暗紫色光束射向银河系，在太阳系边缘撕开一道时空裂缝，从中走出数位身着残破观测者服饰的神秘人。
林羽在金色尘埃中感受到初代观测者的意识波动：“他们是‘熵寂使徒’，曾背叛观测者议会，试图加速宇宙的终结。”他的身体不自觉地向裂缝方向走去，掌心残留的符文与裂缝产生共鸣，“必须阻止他们打开‘熵寂之门’，那将是所有文明的真正末日。”
伊璇的世界树突然剧烈摇晃，树根处的黑色晶体再次生长，这次晶体表面浮现出人脸轮廓——正是在战斗中牺牲的守护者们。树灵发出痛苦的嘶吼：“这些晶体在吸收生命能量...它们要复活被熵寂侵蚀的亡者！”她忍痛将共生体化作净化之藤，缠绕在晶体上，每一次灼烧都让她的意识愈发模糊。
阿岚穿梭至裂缝附近的维度，发现这里的时间流速被扭曲成螺旋状。她遇到了平行宇宙的“自己”——一位因绝望而投靠熵寂使徒的观测者。两人展开激烈战斗，剑光交错间，阿岚看到对方眼中同样的痛苦：“加入我们，至少能在熵寂中获得永恒。”阿岚却将多元仲裁者形态的力量注入裂缝，试图封闭通道：“真正的永恒，不该建立在文明的毁灭之上。”
洛凛带领学员们拦截熵寂使徒的先遣部队。这些使徒的身体由暗物质与文明记忆碎片组成，能化作对手最恐惧的模样。一名学员面对“被腐化的洛凛”攻击时险些崩溃，却在最后一刻想起学院的校训：“守护的意义，在于相信光明的存在。”他的共生体爆发出耀眼光芒，将使徒的幻象击碎。
雷掣的机械军团在熵变反应堆前陷入苦战。当军团的自毁程序都无法突破力场时，他意外发现反应堆的能量核心与沈梦璃数据库中记载的“希望之源”存在量子纠缠。“或许我们不该摧毁它，而是...”雷掣将军团的量子核心与反应堆连接，尝试反向输入希望之力，却引发了剧烈的能量暴走。
全宇宙文明联合议会陷入恐慌。秩序派主张启动最后的维度折叠装置，将整个星系转移；混沌派提议释放所有混沌武器，与熵寂使徒同归于尽；调和派则提出“共生协议”，试图与使徒谈判。三方争执不下时，议会大厅的穹顶突然渗出黑色液体，凝结成巨大的沙漏投影，预示着熵寂倒计时的开始。
沈梦璃在数据库的废墟中挖掘出初代观测者最后的密档。原来，熵寂使徒的目标是收集108个文明的“绝望核心”，用以打开连接“熵寂维度”的大门。而银河系，正是最后一个目标。她将信息共享给守护者们，同时启动数据库的应急程序，试图用残留的数据构建干扰屏障。
林羽带领守护者们兵分六路：他与沈梦璃潜入熵寂使徒的母舰，寻找关闭熵寂之门的方法；伊璇留守世界树，阻止黑色晶体的扩散；阿岚继续在维度裂缝间战斗，防止更多使徒穿越；洛凛和学员们在太阳系布防，拦截先遣部队；雷掣则在熵变反应堆处冒险尝试能量逆转；联合议会的科学家们紧急研发对抗熵寂能量的武器。
当林羽和沈梦璃突破母舰防线，却发现舰桥中央矗立着一座由无数文明骸骨堆砌的王座，王座上坐着一个与林羽容貌相似、却眼瞳全黑的存在。“我是你内心绝望的极致形态，”黑影起身，手中凝聚出暗紫色的熵寂之剑，“当所有希望都破灭时，你我终将合二为一。”与此同时，宇宙各处的熵寂危机全面爆发，伊璇的世界树即将被黑色晶体吞噬，阿岚的维度屏障出现裂痕，洛凛的防线在使徒大军的冲击下摇摇欲坠，雷掣的机械军团开始被反应堆反噬。而在银河边缘，那座象征着末日的熵寂之门，正缓缓开启……
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