警察将秦明、林涛和大宝带回警局后，对他们提供的证据进行了紧急查验与分析。那些从“新世纪方舟”实验室带出的资料和样本，包含着大量非法人体实验以及环境污染相关的关键证据，每一项都触目惊心。
警方迅速行动，根据证据所指向的线索，对“新世纪方舟”的多处据点展开了突袭。一队队警察荷枪实弹，如神兵天降般出现在“新世纪方舟”的办公场所、秘密实验室以及物资储备仓库等地。
“新世纪方舟”的成员们原本还在为未能夺回证据而懊恼，却没想到警察这么快就找上门来。他们试图销毁一些重要文件和设备，但警察行动迅速，很快便控制了局面，将相关人员一一逮捕，防止了证据的进一步流失。
秦明等人也被邀请作为案件关键证人，参与到案件的侦破协助工作中。秦明凭借自己丰富的法医知识，对从实验室带回的样本进行详细解读，向警方说明其中所涉及的非法实验步骤以及对人体可能造成的危害。林涛则利用痕迹检验技术，对现场提取的各类痕迹进行分析，为警方梳理“新世纪方舟”成员的行动轨迹和犯罪链条提供依据。大宝也不闲着，她积极协助警方整理资料，将一些繁杂的文件内容进行分类归纳，以便警方能更高效地掌握情况。
随着调查的深入，“新世纪方舟”的阴谋被完全揭露。原来，这个组织以环保和医学研究为幌子，实则是为了谋取巨大的经济利益。他们通过非法人体实验，试图研发出一种能快速提升人体机能的药物，打算高价卖给一些有特殊需求的群体。而在实验过程中，他们不顾实验对象的死活，导致许多人身体残疾甚至死亡，其行为简直丧心病狂。
同时，为了获取更多的实验资源和资金支持，他们还以虚假的环保项目骗取政府补贴和社会捐款。并且，他们在进行某些化学实验时，随意排放有害物质，对周边环境造成了严重污染，给当地居民的生活和健康带来了极大威胁。
案件真相公布后，社会舆论一片哗然。民众对“新世纪方舟”的所作所为感到无比愤怒，纷纷要求严惩相关犯罪人员。媒体也对这起案件进行了全方位报道，将“新世纪方舟”的丑恶嘴脸展现在大众面前，引发了全社会对于科研伦理、环保监管以及公益组织监管等方面的深刻反思。
法庭审判之日，秦明、林涛和大宝坐在证人席上，看着曾经不可一世的“新世纪方舟”主要成员们被带上被告席，心中感慨万千。保安队长等一众参与追杀他们的人，也因涉嫌故意杀人、妨碍司法等罪名一同受审。
检察官慷慨陈词，依据大量确凿的证据，逐一列举“新世纪方舟”的各项罪行。辩护律师虽试图为被告们开脱，但在铁证面前，一切努力都显得苍白无力。
经过漫长的庭审，法官最终作出判决。“新世纪方舟”的核心成员被判处数十年不等的有期徒刑，并处以高额罚金，其他参与犯罪的人员也根据其罪行轻重，受到了相应的法律制裁。
案件结束后，秦明、林涛和大宝又回到了自己的工作岗位。他们继续投身于法医和痕检工作中，用自己的专业知识守护着正义与真相。每当回忆起这起案件，他们都更加坚定了自己的信念，无论面对怎样的困难和危险，都要为那些无法发声的人查明真相，让罪恶无所遁形，让正义得以伸张。
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