为了防范禁卫军水师从秦淮河再次进攻，袁崇焕抽调了足足三万军队，在江东门到秦淮河之间修筑了多达三处营垒，并在距离秦淮河的营垒中设置炮台，抽调火炮近百门，用以封锁秦淮河水面。
袁崇焕军中本就有火炮，又从外城各城门缴获不少火炮，都搬运到了炮台。
为了修筑营垒炮台，下令拆了外城多处宅院，其中不少宅院属于刚刚投效袁崇焕的勋贵或士绅，不过这些宅院主人都表示理解和支持。毕竟若是袁崇焕失败，这些刚刚投效的勋贵也没有好下场，相反若是袁崇焕成功攻占整个南京，扶持朱由崧登基，他们得到的好处远不止几座宅院。
袁崇焕动作很快，修筑炮台搬运火炮只用了两天时间。李彦直得到消息再次派兵乘船来袭时，在秦淮河中的船队遭到了猛烈的炮火袭击，一艘江船被击沉，两艘江船被重创，士兵损失数十人，眼看再继续向前损失太大，领兵的张煌言果断下令撤兵。
不过李彦直水师火炮数量更多威力更大，其中光是红夷大炮就有百门之多，比拼火力丝毫不怕！李彦直下令，把红夷大炮从海船上卸下二十余门，运到距离反贼营垒两里处，准备对反贼炮台展开反攻。
反贼的火炮大都是普通的佛郎机、碗口铳、虎蹲炮，有些甚至是洪武年间的火炮，无论射程还是威力都远不如红夷大炮。双方炮战结果将可想而知。
但即便是红夷大炮，命中率也低得可怜，炮战必然耗费时日，并非短时间能够出现结果。
除了设置营垒炮台封锁禁卫军水师袭扰路线以外，袁崇焕把主要精力放在了经略外城、准备攻城事宜上。
南京内城太过坚固，袁崇焕并没有急着攻城，而要做好充足的准备。
在张溥钱谦益的支持下，整个外城的士绅士子都被动员了起来，再加上投效的勋贵们，大半个南京城的上层都选择了支持袁崇焕。
袁崇焕也选择了充分放权，大量任用投效的士子士绅勋贵，同时下了一道命令，外城所有人家都必须出男丁编入乡勇，用以协助大军攻城。
虽然南京的大部分人口都在内城，但外城仍生活着四五十万人，把男丁都征召起来得到七八万乡勇完全没有问题。
而不止是南京外城，张溥等投效的士子被袁崇焕代表监国朱由崧任命为使者，分别派往南京周边的宁国、太平、徽州、池州等府，掌管周边各府的同时，抽调人力物力支援南京城。
复社、东林党在江南士林中影响非常大，江南各府士绅的力量也比北方省份大的太多，而江东四府士绅的遭遇早让其他府县士绅心惊不已，生怕皇帝也来均田释奴，故说动各府士绅支持靖难军完全没有问题！即便地方官府不愿造反，但各府是士绅们的天下，相对于士绅们来说，官府的力量太过薄弱。
果然，当张溥等人到达各府之后，各府士绅官员纷纷表示支持靖难军，支持监国朱由崧。其后，张溥等人在各府同样征召了乡勇，然后士绅们募集了大量钱粮物质，连同乡勇一起送到南京，使得袁崇焕手中的实力越来越强大。
与此同时，袁崇焕也没闲着，发动手中军队和外城乡勇，开始做攻城的准备。
征召了外城所有铁匠木匠，开始打造云梯、撞门锤、吕公车等攻城器械。同时每日都派大量人手去填护城河。
秦淮河绕南京西南而过，但却没有经过南京城东，城东的护城河还是挖掘的护城河，远没有秦淮河那么宽阔。
秦淮河太宽，想填平太困难，袁崇焕便把攻城的方向放在了东北两面，特别是城东，从朝阳门到正阳门之间这段城墙，最是适合。
袁崇焕一声令下，动员了数万乡勇填壕，楯车的掩护下，用了十数日时间，填平了七八里长的护城河。为此也付出了数千乡勇伤亡的代价，幸好洪承畴手中兵力太少，能动用的火铳火炮数量不足，否则伤亡会更大。
填平壕沟后，就可以开始着手攻城了，若是有威力巨大的红夷大炮的话，完全可以凭借火炮轰塌城墙，攻城将会变得非常容易。但是袁崇焕手中虽然有很多火炮，红夷大炮却是一门也没有。想凭普通的火炮轰塌坚固的南京城墙实在太难。
没法火炮攻城，只能用原始的攻城方法。袁崇焕曾当过辽东巡抚，曾受过宁远城，对守城非常熟悉，能守者自然能攻，对如何攻城也知道很多。
自古以来，攻城战都是最残酷的战斗，往往会耗费很多时日，甚至有围城长达数年仍无法攻克者。但袁崇焕知道，自己并没有那么多的时间用来攻城，必须赶到精锐边军到达以前拿下南京城。否则一旦崇祯抽调镇守边疆的禁卫军南下，哪怕手中有数十万大军，恐也不是禁卫军的对手。
填平护城河后，袁崇焕下令开始堆积土山，决心堆一座与城墙齐平的土山，这样便可以从土山上攻击城上守军。
寒冬腊月，地面冻得僵硬，挖掘并不容易，但在军队的逼迫下，抽调的乡勇们仍被迫用凿开地面，挖掘出泥土，然后背负泥土前往城墙处。
城墙上火炮火铳齐发，大量背负泥土的乡勇被射杀在地，然而就在后方有督战的军队，凡是畏惧不前的乡勇，都被当场斩杀。有乡勇被射杀在城墙下，身体便成为了土山的一部分。
在死亡的逼迫下，乡勇们冒着城头的铳炮落石往城墙处猛冲，把背负的泥土扔到城墙下，然后再快速跑回。每成功运送一趟泥土，他们会得到一支竹签，每日攒够五支竹签便可以歇息，然后能领取五斤粮食。
城墙上，明知道城外这些乡勇都是被反贼逼迫，都是炮灰，守军仍然不得不冲着他们开火。没有办法，一旦城破，内城无论军民恐怕都没有好下场。
为了阻挡土山堆积，洪承畴抽调了数十门火炮，安放在两侧的突出的马面城墙部分，从侧面向土山进行炮击，成功的把堆积的土山削平了一大截。
然而袁崇焕下令，命一部分乡勇背负水袋，在堆土的同时把用水浇土山。寒冬腊月，水很快便结冰，土山被冻得硬邦邦，便是火炮也很难轰塌。
耗费了十多天时间，伤亡了五六千乡勇性命，终于堆出了一段长达百余丈宽的土山，土山顶部几乎和城墙齐平，贼兵们可以顺着土山冲上城墙。
“东翁，他们多半明日便会攻城，咱们是不是派兵趁夜攻一下？”朝阳门城楼，赵寅建议道。
贼军今日堆起了土墙，明日必定攻城，若是彻夜袭击其营地，必能打乱其攻城节奏。
洪承畴却微微一笑：“不用，按照既定办法做便是。”
谁知道那袁崇焕有没有防备夜袭，城中兵力就这么多，洪承畴不愿耗费兵力出城袭击。只要让对方无安然攻城便是，没必要主动进攻。
在察觉袁崇焕意图之后，洪承畴便做着准备，眼看着土山堆起，是时候给对方以反击了。
洪承畴当即下令，抽调乡勇千人，连夜加高城墙。就在这段城墙上，早就运上来了大量砖石，城墙上燃起火堆，当场烧水，以热水和灰泥，迅速垒高土山这段城墙。
千余乡勇皆是苦力出身，都干过泥瓦匠的活计，又只是加高城墙不需要考虑质量，便是在火堆火光照耀下也能干活。
只不过夜间太冷，城墙上冷风更是吹个不停，干起活来更是寒彻入骨。不过洪承畴早有准备，每个干活的乡勇都给饮上一碗烈酒，用以驱赶寒意。
一夜的功夫，百余丈的宽度，往上加垒了丈余高，反贼想翻过这丈余高的城墙，几乎不可能！
天亮了，反贼大营响起了聚兵的鼓声，今日袁崇焕决定全力开始攻城。
然而大军正在吃饭时，突然有手下来报：“阁部，大事不好了，守军，守军加高了城墙......”
冲出营地，来到朝阳门外，看着不远处的城墙，袁崇焕几乎要背过气去。守军连夜加高了城墙，意味着想从土山翻越入城不再可能，除非己方再次加高土山。
可是己方能加高土山，对方就能继续加高城墙，根本就没有意义。而且加高土山的工程量远大于加高城墙......
“阁部，咱们怎么办？”看着不远处的城墙，大将军宋进问道。
“还能怎么办，强攻吧！”袁崇焕叹道。
土山附城失败，那么只能强攻了。只能采取最直接的云梯攻城。
“我军数量是守军数十倍，便是用人命堆也能拿下南京城！”袁崇焕发狠道。
话虽这么说，让手下消耗战残酷的攻城战中袁崇焕还是不太乐意，毕竟若是损失太大的话，手下军队必然会士气低落。
一咬牙，袁崇焕决定驱赶征兆的乡勇攻城。这些乡勇没什么战斗力，肯定是打不下城池的，但却可以消耗守军箭矢弹丸，消耗其守城物质，消耗其体力士气。
当然，这意味着会有大量乡勇死伤，可为了打下南京城，袁崇焕已经不愿考虑这么多。
是日，大量乡勇在贼军刀枪威逼下，抬着云梯向城墙冲去，开始了攻城之战。
城墙上炮铳轰鸣，箭矢如雨，无数攻城乡勇惨死在城下。很多乡勇心生恐惧不愿往城墙靠近，却被督战的贼军用刀枪逼着向前。
城墙上，听着城外熟悉的乡音，看着很多熟悉的面容，协守城墙的很多民壮不由自主的停下了手，因为他们知道，正在攻城的也是南京人啊，很多还是他们的亲朋......
“快扔砖石！若是让他们攻入城中，都没有好日子过！”守城的禁卫军官兵大喊着，督促着民壮们战斗。
想想若是真被攻破城池，二十万反贼涌入南京内城的后果，城墙上的民壮不寒而栗，连忙搬起石头往城墙外推去。城外攻城的乡勇固然是乡亲，但还是自己和家人的命更加重要。
“该死，竟然以百姓攻城！”城墙上，赵寅怒骂道。
洪承畴却沉默着，因为他知道，战争从来都是非常残酷的，发生这样的事情再正常不过。
是日，反贼们驱赶乡勇攻了一日，在城墙外留下了过千具尸体，却连一次都没有爬到城头。在最后的一次进攻中，袁崇焕抽调了千余士兵夹杂在乡勇们中间，突然向城墙发动攻击，数十架云梯成功搭上了城头，反贼士兵们蜂拥往城墙上攀爬。
就在反贼将领们看到了攻上城墙的希望时，城上突然泼下了大量的火油，然后一支支火把扔下，几十架云梯顿时被点着，攀附在上面的反贼们被烧得纷纷掉落。
次日，袁崇焕再次指挥大军攻城，仍然是驱赶乡勇攻城，攻了一天，仍然毫无进展，乡勇们又伤亡了千余。
“阁部，不能再这样下去了。”前兵部尚书傅振尚劝道，“若是再这样下去，恐城中人心尽失。”
原本整个外城都是支持靖难军的，现在袁崇焕这样搞下去，外城乡勇损失太大，每一个乡勇背后都是一个家庭，死了的话一家都没了希望，这样搞下去恐怕整个外城百姓都会对靖难军生出恐惧。
打仗本来就该是军队的事，袁崇焕放着手中二十万军队不用，却驱赶乡勇攻城，让傅振尚有些看不过眼。
“人心尽失总比军心尽失的好。”袁崇焕面无表情道。
“可是......”
“没什么可是的，你只看到了乡勇损伤，却不知道，他们同样消耗了守军很多守城物质。这样下去不用多久，守城物质必然匮乏，守军也会疲惫不堪，到时才是我靖难军大举攻城的时候！”袁崇焕淡然道。
“唉！”傅振尚叹了口气，不再多说了。
以乡勇连攻了十日，直到乡勇闻听要攻城都跪地求饶，袁崇焕才换上靖难军士兵。然而即便如此，想攻上城墙也非易事。这场攻城战注定了要耗时良久。